活动性沙眼是由于沙眼衣原体感染导致的结膜的慢性炎症。世界卫生组织简化了沙眼的分级标准，将活动性沙眼定义为TF和/或TI。TF(沙眼炎症-滤泡）是指上睑结膜中央存在5个及5个以上直径>0.5mm的滤泡。TI(沙眼炎症-重度）是指上睑结膜明显的炎症性增厚，有一半以上的结膜深血管模糊不清。瘢痕性沙眼是由于沙眼衣原体的反复感染造成的，包括睑结合膜可见的瘢痕形成（沙眼瘢痕），上睑缩短或翻转（睑内翻），倒睫。
活动期沙眼与年纪较轻、用水和环境较差、人与人的密切接触有关。眼鼻的分泌物可能传播眼沙眼衣原体感染。与其他有沙眼活动的人共用寝具是感染的危险因素。有研究发现社区中接触眼睛的苍蝇的密度与活动性沙眼有关。与传播沙眼有关的苍蝇将它们的卵置于暴露于土壤的人的粪便当中。
沙眼的多种机制都可以造成角膜损伤。瘢痕性沙眼损伤了眼部的腺体器官造成泪液分泌不足，角膜干燥使角膜更容易受到倒睫的损伤以及受到细菌和真菌的侵袭而感染，从而导致角膜混浊。以前的发病次数越多复发率越高，23次发病与1次发病相比，复发的RR 1.41，95%CI 0.822.42；大于4次发病与1次发病相比，复发的RR 2.09，95%CI 1.24~3.50。在澳大利亚有5%的实质性单纯疱疹角膜炎患者在随访10年时间内由于失明、急性或即将发生角膜穿孔而接受角膜移植。角膜植片单纯疱疹复发是影响植片成活率的主要因素。
对于较重的倒睫，有一项随机对照试验发现了有限的证据证明双层睑板翻转术后2周成功率高于缝线法、睑板前徙或睑板楔形切除且不良反应较低，但是双层睑板翻转与睑板前徙翻转两者术后2周成功率差别无显著性。另一项随机对照试验发现双层睑板翻转术后25个月的成功率高于睑板前徙翻转。这两项研究的手术均由资深的医生操作。对于轻度倒睫，有一项随机对照试验发现双层睑板翻转与单纯冷冻或者电解的方法相比，术后25个月成功率更高。手术被认为是优于其他术式的治疗方法。
一篇系统综述比较了抗生素与安慰剂控制沙眼活动的效果，但是没有足够的证据证明抗生素的有效性。这一综述还将口服阿奇霉素和局部使用四环素、口服阿奇霉素以外的其他抗生素和局部使用抗生素进行了比较，也没有得到足够的证据。但是综述中涉及的研究具有异质性，可能并不能得出有重要临床意义的结论。
一项随机对照试验发现单纯洗脸（由教师进行）与不进行干预相比3个月后儿童沙眼的发病率差别无显著性。
一项随机对照试验发现，不使用或者使用原有蹲坑厕所的一组和使用灭蝇后蹲坑厕所的另一组在活动性沙眼的发生率上没有显著性差异。
一项小规模随机对照试验提供的有限证据发现与不治疗相比健康教育可降低活动性沙眼的发生率。但证据有限。
一项在随机对照试验之前进行的预试验研究发现，与不进行治疗相比，用溴氰菊酯灭蝇可以降低3个月后活动性沙眼的发生率。一项更大规模的随机对照试验发现，与不治疗相比，用苄氯菊脂灭蝇可以降低活动性沙眼的发生率。尽管研究发现这一方法在短期内有效，但是如果能够扩大研究规模，无论从个体或者环境角度来讲，都会更有说服力并且更有意义。这一研究的目的是证明灭蝇这一方法总的来说可能有效。
通过减少活动期沙眼的发病率预防瘢痕化沙眼形成的治疗方法。
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